Первое упоминание города в низовьях Волги датируется 1333 годом. Средневековый Хаджи-Тархан являлся центром торговли Золотой Орды, так как стоял на караванном пути Восток – Запад. В 1459 году Хаджи-Тархан, который в разное время и в разных источниках упоминается под названием Астархан, Аждархан, Цитрахань, Азторокань, Гинтархань, стал столицей Астраханского ханства.

Основанию современной Астрахани предшествовало стремление Ивана Грозного владеть Средним и Нижним Поволжьем, долгое время находившимся под властью татарских ханств. Знать Казанского и Астраханского ханств ориентировалась на Османскую империю и Крым, и борьба Русского царства за Поволжье и выход к Каспийскому морю диктовалась интересами самообороны от нашествия турок и татар. В октябре 1552 года русские войска штурмом взяли Казань, а в начале августа 1556 года отряд казаков и стрельцов во главе с воеводой Иваном Черемисиновым занял столицу Астраханского ханства. Присоединение всей территории Поволжья укрепило международное положение России и имело прогрессивное значение для дальнейшего развития народов, проживающих на берегах Волги.

Татарская Астрахань, которую заняли русские войска, стояла на открытой степной местности и была легко доступна для нападения, поэтому Иван Черемисинов принял решение перенести город ниже по течению реки примерно на 12 километров. Выбор воеводы был одобрен Иваном Грозным, и в 1558 году на бугре, возвышавшемся на левом берегу Волги, были построены укрепления, положившие начало современной Астрахани. В 1569 году для защиты города от агрессивной политики Турции и Крымского ханства Иван Грозный приказал строить каменный Кремль, возведение которого окончательно было завершено в начале XVII века.

Указом Петра I от 22 ноября 1717 года была учреждена Астраханская губерния, а Астрахань, до этого официально считавшаяся крепостью, получила статус губернского города. Тогда же по инициативе первого российского императора в Астрахани был заложен порт, основано Адмиралтейство, а также началось строительство морского торгового флота.