Официальной датой основания Копенгагена является 1167 год. Основателем Копенгагена считается Абсалон, епископ древней столицы Дании Роскилле, который будучи советником датского короля Вальдемара I Великого получил от монарха распоряжение построить и укрепить город на острове Зеландия, чтобы обеспечить контроль и защиту пролива Эресунн. Так, под руководством Абсалона в 1167 году, который является официальной датой основания Копенгагена, на ставшем форпостом нового города островке Слотсхольмен была построена крепость Кастеллет. В 1254 году Копенгаген получил статус торгового города и ряд соответствующих привилегий.

В 1397 году в противовес Ганзейскому союзу Дания, Швеция и Норвегия объединились под властью единой короны, заключив Кальмарскую унию. В 1410 году в Копенгагене на месте развалин старой крепости началось строительство замка, в котором через 6 лет разместилась королевская резиденция Эрика Померанкского. В 1433 году за Копенгагеном официально закреплен статус столицы объединенного Скадинавского государства Дании, Швеции и Норвегии. В 1479 году основан Копенгагенский университет – первый университет Дании и один из старейших в Европе.

Недовольство Швеции господством Дании привело к распаду Кальмарской унии в 1523 году. Столица Дании несколько столетий несла убытки из бесконечных и неудачных столкновений со шведами, начало XVIII века принесло чуму и сильные пожары, а наполеоновские войны – бомбардировку города со стороны англичан. В результате всех этих бедствий средневековый Копенгаген практически полностью утерян.

Во второй половине XIX века Копенгаген существенно расширил свои границы, пережил мощную волну индустриализации и период интенсивного культурного творчества, известного как "Золотой век Дании". В первой мировой войне Дания соблюдала нейтралитет, и благодаря торговле и с Великобританией, и с Германией Копенгаген процветал и бурно развивался.